生物除臭系统的核心原理在于利用微生物的代谢活动来降解恶臭物质。首先，通过专门设计的气体收集系统，将酒厂污水散发的异味气体进行收集。这些气体被输送至生物除臭设备中，设备内部设置有生物填料，填料上附着有大量经过筛选和培育的微生物菌群。这些微生物具有多样化的酶系，能够针对不同的恶臭成分进行特异性的转化。例如，对于硫化氢，特定的硫氧化能够将其逐步氧化为无害的硫酸盐；氨则可被硝化细菌通过硝化作用转化为硝酸盐。而像甲硫醚等含硫有机化合物，也会在一系列微生物的协同作用下，逐步解为简单的无机物。在这个过程中，微生物以恶臭物质为营养源进行生长繁殖，从而实现了对异味的去除。整个生物除臭过程类似于自然界中的物质循环与净化过程，只不过是在人工设计的生物反应器中加速进行。
